شبیه سازی مولکولی غشا و توزیع دارو در غشاهای بیولوژیکی

thesis
abstract

در این تحقیق ابتدا با توجه به ویژگی نفوذ دارو در سیستم های بیولوژیکی که عبارتند از رخداد این پدیده در مقیاس های زمانی و مکانی در ابعاد نانو، این سیستم های بیولوژیکی به طور مختصر شرح داده شده و نحوه نفوذ دارو و مکانیزم های مختلف جذب دارو بیان می شوند. در ادامه برای بررسی و شبیه سازی این پدیده به دلیل تحول زمانی آن، از روش دینامیک مولکولی استفاده می شود. اساس این روش حل معادلات حرکت نیوتن برای تک تک ذرات سیستم است که بعد از انجام شبیه سازی، نتایج با میانگین گیری روی تمام ذرات محاسبه می شوند. برای شبیه سازی فرایند نفوذ دارو، با توجه به تعداد زیاد ذرات حل عددی معادلات حرکت نیوتن که اساس روش دینامیک مولکولی است، عملا به صورت دستی امکان پذیر نمی باشد و این امر استفاده از نرم افزارهای شبیه سازی را ایجاب می کند. در این تحقیق از نرم افزار شبیه سازی گرومکس استفاده شده است.در اجرای شبیه سازی نفوذ دارو به دلیل حجم بالای محاسبات استفاده از رایانه های خانگی امکان پذیر نبود و از این رو در انجام شبیه سازی های مولکولی عموما از ابررایانه ها استفاده می شود. در پایان نتایج حاصل از محاسبات با برخی داده های آزمایشگاهی مورد مقایسه قرار گرفته و میزان دقت محاسبات در طول شبیه سازی یا انحراف و خطای آن ها مورد بررسی قرار می گیرند.یک سیستم مرجع در این شبیه سازی تعریف می شود که شامل 128 مولکول فسفولیپید از نوع dmpc می باشد که به صورت دولایه 68 تایی قرار می گیرند و کل این سیستم در 3655 مولکول آب به عنوان حلال قرار دارد. در این سیستم نفوذ مولکول داروی آرتیکایین که یک نوع داروی بی حسی است در دو حالت باردار و بدون بار انجام می گیرد. برای انجام محاسبات این شبیه سازی از ابر رایانه مرکز پردازش های فوق سریع دانشگاه امیر کبیر استفاده شده است.

similar resources

شبیه سازی دینامیک مولکولی دانه درشت عبور حامل دارو از غشا سلول

با گسترش روزافزون صنعت داروسازی و ساخت داروهایی با عملکرد مشخص، انتقال آن به داخل سلول نیز از اهمیت بسیار بالایی برخوردار است. غشا سلول در برابر ترکیبات آب دوست غیر قابل نفوذ است و مکانیزم های انتقال اختصاصی برای نفوذ آن ها مورد نیاز است. بنابراین لزوم پیدا کردن راهی برای تسهیل عبور این داروها از غشا سلول مطرح است. در این بین پپتایدهای با قابلیت نفوذ به سلول نشان دادند که می توانند به عنوان حام...

full text

بررسی میانکنش پپتید ضد میکروبی سیکلوویولاسین o2 با غشا باکتری با روش شبیه سازی دینامیک مولکولی

چکیده سیکلوتیدها پپتیدهای کوچک غنی از باندهای دی سولفید هستند که از گیاهان جدا شده اند و دارای طیف وسیعی از فعالیت های زیستی شامل فعالیت ضد میکروبی، ضد تومور، حشره کشی وAnti-HIV می باشند. با توجه به افزایش باکتری های مقاوم به دارو، جامعه ی جهانی در حال رویارویی با یک چالش جدی است و نیازی ضروری به ترکیبات جدید برای درمان بیماری ها احساس می شود. سیکلوتید ها به عنوان پپتیدهای کوچک، پتانسیل بالایی ...

full text

مطالعه درختواره‌های پلی‌آمیدوآمین مزدوج شده با دارو: سنتز و شبیه سازی دینامیک مولکولی

درختواره‌ها طبقه نسبتا جدیدی از مواداند که دارای ساختار مولکولی و ابعاد واحد در مقایسه با پلیمرهای خطی هستند. درشت‌مولکول‌های درختواره می‌توانند شامل چند نوع گروه عاملی باشند که به‌طور موفقیت‌آمیز با روش‌های واگرا یا همگرا سنتز می‌شوند. گروه‌های عاملی موجود در سطح آنها باعث می‌شود تا این ترکیبات آب‌دوست شده و در آب بسیار محلول باشند. قطر درختواره با افزایش نسل تا یک نانومتر افزایش می‌یابد، در ح...

full text

مطالعه درختواره های پلی آمیدوآمین مزدوج شده با دارو: سنتز و شبیه سازی دینامیک مولکولی

درختواره ها طبقه نسبتا جدیدی از مواداند که دارای ساختار مولکولی و ابعاد واحد در مقایسه با پلیمرهای خطی هستند. درشت مولکول های درختواره می توانند شامل چند نوع گروه عاملی باشند که به طور موفقیت آمیز با روش های واگرا یا همگرا سنتز می شوند. گروه های عاملی موجود در سطح آنها باعث می شود تا این ترکیبات آب دوست شده و در آب بسیار محلول باشند. قطر درختواره با افزایش نسل تا یک نانومتر افزایش می یابد، در ح...

full text

شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین همولیزین باسیلوس پامیلوس و داکینگ آن با کلسترول و پیشگویی تغییرات کنفورماسیونی این پروتئین در طراحی دارو با کمک بیوانفورماتیک

همولیزین یک پروتئین خارج سلولی است که توسط بسیاری از باکتری‌های بیماری‌زا و غیر بیماری‌زا ترشح می‌شود. سطح فعالیت آنها غشای‌پلاسمایی گلبول‌های قرمز خون می‌باشد. همولیزین جزء سموم وابسته به کلسترول می‌باشد یعنی کلسترول را به عنوان گیرنده بر روی سطح سلول‌های خونی شناسایی کرده و از طریق آن به سلول هدف متصل می‌شود. در این تحقیق ما بر روی همولیزین گونه‌ایی از باسیلوس به نام باسیلوس پامیلوس SAFR0032 ...

full text

نشاندار سازی سیپروفلوکساسین با Technetium99m و توزیع بیولوژیکی آن در حیوانات سالم و عفونی

هدف: هدف از این مطالعه نشاندار سازی سیپروفلوکساسین با تکنسیومm99 و توزیع بیولوژیکی رادیو دارو در بافت‏های مختلف حیوانات آزمایشگاهی سالم و عفونی جهت تشخیص مکان عفونت بود. مواد و روش‏ها: نشاندار سازی سیپروفلوکساسین با تکنسیوم با غلظت بهینه سیپروفلوکساسین(2 میلی گرم) و غلظت‏های 600-50 میکروگرم کلرید قلع در دما و pH متفاوت، با استفاده از کروماتوگرافی لایه نازک در حلال‏های مخت...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


document type: thesis

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه کاشان - دانشکده مهندسی شیمی

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023